As relíquias, tão logo chegaram ao Santuário, no alto da Serra, foram colocadas num altar barroco, do lado esquerdo da igreja, especialmente construído para servir de morada última àquele soldado romano que sucumbiu ao terror de Roma em nome da fé cristã. Dois séculos depois, em 16 de maio de 1992, nas comemorações do bi-centenário da entronização da relíquia no Santuário, a preciosidade foi transferida, após ter ficado nas tribunas da igreja neogótica, para o altar das celebrações, com o objetivo de facilitar a visitação e instrução dos fiéis e para que assim se cumprisse o desejo do Irmão Lourenço e do Vaticano.
Os restos mortais de São Pio emprestam ao Santuário de Nossa Senhora Mãe dos Homens ares de religiosidade plena, até então só testemunhada nas sombrias catacumbas romanas. Reedita-se assim, no Caraça, uma prática comum nos primeiros séculos da Igreja, quando nas catacumbas se celebrava a Santa Missa sobre o túmulo dos Mártires. Hoje, no Caraça, sobre o corpo de São Pio Mártir, faz-se o mesmo, pedindo a Deus fidelidade à graça do batismo e heroísmo até a morte, se necessário for.